Храм Богоявления в поселке Головинка был основан в конце XX века на территории старого кладбища, которое верующие отстояли от приватизации в 1990-х годах. Первоначально на этом месте была возведена небольшая часовня в честь святой равноапостольной Нины, просветительницы Грузии. В 2001 году часовня была преобразована в храм, где начали совершаться регулярные богослужения.
26 октября 2013 года произошло обретение чудотворной иконы Божией Матери, выброшенной штормом на берег. Икона, идентифицированная как Иверская, имела металлическую основу с деревянной доской и серебряными вставками. На торце сохранилась надпись, указывающая на разрешение Московского духовно-цензорного комитета от 23 декабря 1896 года. После помещения в храм икона начала самообновляться, постепенно проявляя лики Богородицы и Младенца.
Впоследствии рядом с первоначальным храмом был заложен новый двухуровневый храмовый комплекс, строительство которого продолжается. Нижний храм нового комплекса освящен в честь Иверской иконы Божией Матери, что символически связано с местом обретения образа и историческими связями Грузии (древней Иверии) с этим чтимым образом.
Архитектурный ансамбль храма включает в себя как первоначальную постройку, так и строящийся комплекс, что отражает этапы развития православной общины в Головинке. Исторически этот храм является относительно новым сооружением, однако его значение для местной православной традиции определяется как фактом чудесного обретения иконы, так и преемственностью с древней иконографической традицией Иверского образа.