Каменный однопрестольный храм в честь Богоявления Господня был построен в селе Омутинском в 1810 году на месте сгоревшей деревянной церкви. В 1902 году по инициативе церковного старосты Михаила Морозова вокруг храма была сооружена каменная ограда со сторожкой и кладовой. В том же году к северо-западу от храма началось строительство здания для церковной школы, открытой 2 октября 1902 года как школа грамоты, а с июля 1903 года преобразованной в церковно-приходскую школу.
В приходе к 1913 году числились деревни: Усольцева, Большой Краснояр, Малый Краснояр, Чуркина, Кошелева, Кашевская. Причт состоял из священника, диакона и псаломщика. При храме действовало приходское попечительство. В 1930-х годах здание церкви было разрушено.
В 1990-х годах началось возрождение прихода. Первоначально община состояла из 9 человек, которые собирались для молитвы в частных домах. В 1998 году общине было передано ветхое здание бывшей музыкальной школы, где после ремонта начались богослужения. Для духовного окормления из Тобольска приезжал иеромонах Мефодий, который совершил освящение храма в честь Богоявления Господня.
В 2000 году было принято решение о строительстве нового храма на месте, где ранее находился разрушенный храм. Проект был разработан тюменским филиалом института «Сибспецпроектреставрация» и утвержден в октябре 2000 года. Закладка фундамента состоялась в 2003 году, но строительство было приостановлено из-за отсутствия средств и возобновлено только в 2005 году. Основное финансирование осуществлялось из бюджета Тюменской области.
Строительство было завершено в 2011 году, а 14 июня 2012 года архиепископ Тобольский и Тюменский совершил чин Великого освящения храма. При храме с 1996 года действует воскресная школа, а с 2008 года организуется детский лагерь «Веселая семейка». Также при храме работает библиотека.