Первые упоминания о христианизации коренных народов Кольского полуострова, включая саамов, относятся к XVI веку. В этот период началось активное строительство православных храмов в регионе, включая территорию современного Ловозерского района. К середине XIX века в селе Ловозеро был образован самостоятельный приход. В 1862 году был основан Ловозерский приход.
В начале XX века в Ловозере существовала деревянная церковь, которая служила центром религиозной жизни местных жителей. Однако в советский период, особенно в 1930-е годы, многие храмы на Кольском полуострове были закрыты или разрушены в рамках антирелигиозной кампании. Церковь в Ловозере также подверглась закрытию, и её здание было переоборудовано под культурно-просветительские учреждения. Впоследствии здание было утрачено, и на протяжении нескольких десятилетий в селе отсутствовал действующий православный храм.
В 1996 году, в условиях возрождения религиозной жизни в России, в Ловозере была построена новая церковь Богоявления Господня. Строительство храма было осуществлено на средства местных жителей и при поддержке епархии. Новый храм был возведён на новом месте и стал символом духовного возрождения села. Церковь была освящена в честь праздника Богоявления Господня, что отражает традиции православной церкви в выборе престольных праздников.
Архитектурно новый храм представляет собой современное здание, выполненное с использованием традиционных элементов православной архитектуры. Он включает в себя основной молитвенный зал, алтарь и притвор. Внутреннее убранство храма оформлено в соответствии с канонами Русской Православной Церкви, включая иконостас, иконы и церковную утварь.