Согласно историческим данным, в 1718 году в селе Анатыш была возведена первая деревянная церковь, освященная в честь Богоявления Господня. В 1798 году рядом с ней была построена вторая деревянная церковь, посвященная Владимирской иконе Божией Матери. Обе эти постройки со временем обветшали и были разобраны.
В 1903 году на месте прежних деревянных церквей был сооружен каменный однопрестольный храм, освященный в честь Владимирской иконы Божией Матери. Архитектурно здание выполнено в традициях русской православной архитектуры начала XX века, с характерными элементами эклектики. Пятиярусная колокольня, расположенная на западном фасаде, является одной из доминантных частей сооружения.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт и подвергся разграблению. Здание использовалось не по назначению, что привело к утрате значительной части его внутреннего убранства и архитектурных элементов.
В 1991 году храм был возвращен Казанской епархии Русской Православной Церкви. К 1994 году, после проведения восстановительных работ, в нем возобновились богослужения. В 2003 году храм был освящен архиепископом Казанским и Татарстанским Анастасием.
В настоящее время храм Богоявления Господня в селе Анатыш является действующим приходом Казанской епархии. При храме организована воскресная школа, проводятся регулярные богослужения и церковные таинства. Здание храма поддерживается в удовлетворительном состоянии, продолжаются работы по его благоустройству и сохранению.
