Село Красное впервые упоминается в исторических источниках в 1569 году, когда оно принадлежало стольнику Ивану Дмитриевичу Воронцову. В период опричнины, установленной Иваном Грозным, Костромской уезд, включая село Красное, был включён в опричные земли, и прежние владельцы были выселены. Впоследствии село перешло во владение семьи Годуновых.
В 1592 году, по благословению первого Патриарха Московского и всея Руси Иова, на средства Дмитрия Ивановича Годунова, дяди царя Бориса Годунова, в селе была возведена каменная церковь в честь Богоявления Господня. Строительство храма отражало стремление Годуновых укрепить своё влияние и продемонстрировать благочестие. Первоначально храм представлял собой восьмерик на четверике, увенчанный шатром, без приделов и колокольни.
В XVII веке к основному объёму храма были пристроены два симметричных придела с крещатыми сводами, каждый из которых завершался отдельной алтарной апсидой. Кроме того, была возведена трёхъярусная шатровая колокольня, соединённая с храмом посредством двухъярусной галереи-гульбища. Эти дополнения придали храму более сложную и выразительную архитектурную композицию.
Архитектурные особенности храма включают высокий подклет, на котором возвышается основной объём. Трёхъярусный восьмерик декорирован полукруглыми кокошниками, уменьшающимися по размеру от нижнего яруса к верхнему. В основании шатра расположены треугольные фронтоны с вписанными в них горками кокошников, что отсылает к приёмам, использованным в соборе Покрова на Рву в Москве. Переход от шатра к высокому барабану выполнен в виде ряда кокошников, а сам барабан увенчан небольшой главкой. В стенах восьмерика заделаны глиняные горшки-голосники, улучшающие акустику внутри храма.
В 1932 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт. В последующие годы здание использовалось для различных хозяйственных нужд: в нём размещались библиотека, склад, клуб и зернохранилище. В результате этого внутреннее убранство храма значительно пострадало.
В 1959–1962 годах под руководством архитектора И.Ш. Шевелёва были проведены ремонтно-реставрационные работы, направленные на восстановление облика храма, который он имел к концу XVII века. В ходе реставрации были восстановлены архитектурные элементы и декоративное убранство здания.
В 1990 году храм был возвращён Русской Православной Церкви. После передачи начались работы по его восстановлению и адаптации для проведения богослужений. В 2009 году полностью отреставрированный храм был освящён, и в нём возобновились регулярные богослужения. Стены и своды храма были расписаны в традициях православной живописи XVI–XVII веков, а иконостас восстановлен.
