Храм Богоявления Господня в Ярославле возведён в 1684-1693 годах на средства купца гостиной сотни Алексея Авраамовича Зубчанинова. Строительство осуществлялось на месте ранее существовавшей деревянной церкви, первое упоминание о которой относится к XVI веку. По некоторым источникам, деревянный храм мог существовать на этом месте с домонгольских времён, о чём свидетельствует грамота Василия III от 1511 года.
Архитектурный облик храма представляет синтез московской и ярославской строительных традиций. Основной объём выполнен как бесстолпный пятиглавый четверик, перекрытый сомкнутым сводом, что характерно для московского зодчества. Ярославские черты проявились в трёхстороннем окружении галереями и шатровой колокольне у северо-западного угла. Храм не имеет подклета, что было нетипично для ярославской архитектуры XVII века.
Фасадное убранство отличается обильным использованием полихромных изразцов с растительным орнаментом. Изразцовые пояса опоясывают карнизы и барабаны, отдельные изразцы вставлены в плоскость стен. Северный придел освящён в воспоминание Страшного Суда, южный - во имя Димитрия Прилуцкого. Главный престол освящён 2 июля 1693 года митрополитом Ростовским Иоасафом.
Роспись интерьеров выполнена в 1692-1693 годах. Стилистический анализ позволяет предположить участие в работе двух артелей: своды расписывали мастера круга Дмитрия Плеханова, стены - местные ярославские изографы. Программа росписи включает 320 сюжетных клейм с евангельскими, апостольскими и литургическими циклами. В 1800-х годах нижние ярусы росписей поновлены Семёном Завязошниковым, в 1950-х проведена реставрация живописи.
Шестиярусный резной иконостас создан в стиле украинского барокко в начале XVIII века. Основу его декора составляют виноградные гроздья и фигуры ангелов. Иконы для первоначального тяблового иконостаса писали Семён Спиридонов Холмогорец с братом в 1684-1691 годах. Из церковных святынь сохранился запрестольный деревянный крест XVII века.
После пожара 1753 года произведена замена кровли и глав. В 1950-х годах под руководством В.Н. Захаровой и С.Н. Давыдова проведена комплексная реставрация, в ходе которой восстановлен первоначальный облик глав. С 1926 по 2002 год храм не действовал, использовался как музей. В настоящее время находится в совместном ведении Ярославского музея-заповедника и Ярославской епархии.
