Храм Богоявления в городе Воткинске был возведен в 1991-1993 годах как крестильный храм при Преображенской церкви. Здание построено по проекту архитектора Н.Л. Звирздыня и включает в себя также воскресную школу, трапезную и административные помещения. Храм расположен в комплексе, который был расширен в 1991-1996 годах.
Преображенская церковь, к которой относится храм Богоявления, имеет более раннюю историю. Первое деревянное здание церкви на этом месте было построено в 1775 году, заменив сожженную пугачевцами церковь 1760 года постройки. Изначально церковь была освящена во имя святителя Димитрия Ростовского.
В 1819 году, после строительства каменного Благовещенского собора, старую деревянную церковь перенесли на Нагорное кладбище, где она была переосвящена в честь Преображения Господня. Это здание функционировало до середины XX века.
Современный храмовый комплекс, включающий храм Богоявления, продолжает традиции православного богослужения в Воткинске. Архитектурное решение крестильного храма выполнено в традиционных формах, характерных для православного зодчества XX века.
Богослужебная жизнь храма соответствует уставу Русской Православной Церкви. Ежедневно в храме совершается таинство крещения. Храм является частью прихода Преображенской церкви и подчиняется Воткинскому благочинию Ижевской епархии.
