В 1777 году было построено каменное здание церкви, однако в 1804 году оно было разобрано, и на его месте заложен новый храм. Собор Богоявления Господня был завершен в 1812 году и стал первым кирпичным сооружением в Усмани.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, собор был разрушен. Летом 2000 года, с благословения митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия, началось возрождение храма. В 2001 году, после обретения чудотворной иконы Богородицы Корсунской Усманской, строительство храма активизировалось.
В 2005 году был освящен придел нижнего храма в честь Царственных мучеников. В 2015 году состоялось великое освящение верхнего храма, которое совершил митрополит Никон.