Храм во имя святого первомученика архидиакона Стефана в селе Кипиево был построен в 1898 году (по другим данным — в 1893 году) в виде молитвенного дома. В 1900 году молитвенный дом был преобразован в церковь. Освящение храма состоялось 13 февраля 1903 года. Церковь была приписана к Кычкарскому приходу. В деревне Сем-Андреевской, расположенной в 40 верстах от Кипиево, находилась часовня, также относящаяся к приходу.
Кипиевский приход входил в состав Печорского уезда Архангельской губернии. В 1914–1919 годах священником храма был Владимир Алексеевич Зуев. В разные годы псаломщиками служили Александр Петрович Феликсов (1914), Николай Распутин (1915), Павел Александрович Козмовский (1915–1917), Зотик Дорофеевич Кузнецов (1918).
В 1919 году священник Владимир Зуев был арестован красноармейцами и расстрелян без суда в селе Кычкар (современный Брыкаланск). Тело священника две недели оставалось без погребения. Разрешение на похороны было получено только после того, как жена покойного уплатила 800 рублей. 7 марта 1919 года отец Владимир был отпет и перезахоронен в ограде Кипиевской Стефановской церкви.
В советский период храм, как и многие другие церкви, мог подвергнуться закрытию или разрушению, однако точных данных о его судьбе в этот период в открытых источниках не обнаружено. В настоящее время храм действует в составе Воркутинской епархии Русской Православной Церкви. Престольные праздники отмечаются 15 августа (перенесение мощей), 28 сентября (обретение мощей) и 9 января (память первомученика архидиакона Стефана).