Село Бабяково имеет глубокие исторические корни, восходящие к концу XVI века. В 1595 году воевода Воронежской крепости Иван Фёдорович Кобяков основал слободу, позднее названную Бабяковской. Согласно "Дозорной книге" 1615 года, в слободе насчитывалось 10 атаманских и 29 бобыльских дворов. До 1928 года село входило в состав Воронежского уезда Воронежской губернии.
В 2006–2008 годах в селе была построена кирпичная церковь, служащая крестильным храмом при Рождество-Богородицкой церкви. Храм представляет собой четверик с полукруглым алтарём и притвором, увенчанный шатровым ярусом звона. Архитектурное решение храма сочетает традиционные элементы православного зодчества с современными строительными технологиями. Внутреннее убранство храма оформлено в соответствии с канонами православной церкви.
С момента открытия храм активно функционирует, проводятся регулярные богослужения и церковные обряды. Храм стал духовным центром для жителей села Бабяково и прилегающих районов. При храме организованы различные церковные и социальные мероприятия, направленные на укрепление духовной жизни прихожан.