Село Побегайловка, ранее известное как Михайловское, было основано в 1918 году. В начале 1920-х годов в селе была построена небольшая церковь во имя Архангела Михаила. Однако уже в 1930-х годах храм был закрыт, а его здание переоборудовано под начальную школу.
6 июля 2003 года в селе Побегайловка был заложен первый камень в основание нового храма во имя Архангела Михаила. Место строительства освятил архиепископ Ставропольский и Владикавказский Феофан. Фундамент храма был заложен в 2003 году, после чего начались бетонные работы. На время строительства богослужения проводились в приспособленном для этого помещении.
19 сентября 2009 года в новом храме была отслужена первая Божественная литургия. С этого времени храм начал действовать, став центром духовной жизни села Побегайловка.
В архитектурном плане храм представляет собой небольшое здание, выполненное в традиционном стиле, характерном для православных церквей. Внутреннее убранство храма соответствует канонам православной церкви, включая иконостас и необходимые атрибуты для проведения богослужений.