Храм Архангела Михаила в селе Нежинка был построен не позднее 1910 года. Здание церкви выполнено из кирпича, с базиликальной архитектурой, повышенной средней частью и шатровой колокольней над входом. Престол освящен во имя Архангела Михаила. В начале XX века храм возведен на пожертвования местного населения, включая средства от алебастрового завода. Строительство велось в контексте миссионерской деятельности среди старокрещеных нагайбаков, часть которых к тому времени перешла в ислам.
В 1934 году храм был закрыт советскими властями. Колокольня и венчания разрушены, здание использовалось для хозяйственных нужд: как зернохранилище, мастерские, клуб, комбинат бытовых услуг и «Центр досуга». Внутреннее убранство и церковная живопись утрачены из-за многочисленных перестроек. В январе 2002 года зарегистрирована церковная община, а 20 июня 2007 года здание возвращено верующим. С 1 октября 2007 года начались восстановительные работы.
Архитектурно храм сочетает элементы православной традиции с готическими мотивами, что выделяет его среди других церквей Оренбургской области. Первоначально колокольня имела 16 колоколов и крест из зеркального хрусталя. В советский период исторический облик значительно искажен. После передачи РПЦ МП проведена частичная реставрация: восстановлены оконные рамы, кровля, ведутся работы по воссозданию интерьеров.