Село Малые Ягуры было основано в XIX веке, и с момента своего возникновения жители стремились к созданию духовного центра. Изначально богослужения проводились в домах верующих или в приспособленных помещениях. В 1860 году было принято решение о строительстве деревянной церкви в честь Архангела Михаила. Строительство обошлось в 30 000 рублей. В 1911 году церковь была перестроена. Однако в 1936 году, в период антирелигиозной кампании, церковь была закрыта и перестроена под сельский клуб.
С 2016 года, благодаря усилиям меценатов, началось строительство нового храма на месте утраченного. В ноябре 2020 года новый храм в честь Архангела Михаила был освящен. Архитектурно здание представляет собой однонефную церковь с пятиглавием и колокольней, выполненную в традиционном русском стиле. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для храмов Ставропольского края. Внутреннее убранство включает иконостас, выполненный в классическом стиле, и росписи, отражающие ключевые сюжеты православной иконографии.
С момента освящения храм стал центром духовной жизни села Малые Ягуры. В нём регулярно проводятся богослужения, таинства и церковные праздники, организуются образовательные и просветительские мероприятия для различных возрастных групп. Храм также служит площадкой для социальной поддержки нуждающихся и укрепления общинных связей.