Первое упоминание о храме в селе Бобровка относится к 1736 году, когда поселение было основано отставными солдатами Алексеевской крепости по указу императрицы Анны Иоанновны. Первая деревянная церковь во имя Архистратига Михаила была построена между 1736 и 1751 годами, вероятно, силами солдат и жителей села. Архивные записи этого периода не сохранились, однако косвенные свидетельства указывают на существование храма в этот период.
В 1862 году на средства прихожан была возведена новая деревянная церковь, вмещавшая до 800 человек. Согласно клировым ведомостям, причт состоял из священника, дьякона и псаломщика. При храме действовала церковно-приходская школа, закрытая в 1874 году. Церковь сгорела, и в 1892 году на средства старосты Андрея Горбунова была построена третья по счету деревянная церковь.
В 1930-х годах храм, как и многие другие в регионе, подвергся гонениям. Настоятель Степан Тепловодский, полный Георгиевский кавалер, был арестован по доносу в 1938 году и впоследствии расстрелян. Церковь была закрыта и разрушена в 1940 году. По свидетельствам очевидцев, при разрушении были уничтожены иконы и церковная утварь.
В 2003 году приход был зарегистрирован вновь, а 22 сентября того же года освящено место для строительства нового храма. Первое богослужение во временном помещении состоялось в ноябре 2003 года. Строительство каменного храма завершилось к 2018 году. Были возведены двухсветный четверик, увенчанный световым восьмериком с главкой, и трехъярусная колокольня. В 2022 году начались работы по внутренней росписи храма в византийском стиле.