Храм апостола Павла расположен на территории государственного природного заповедника «Костомукшский», созданного в 1983 году для сохранения природных комплексов карельской тайги. Точная дата основания храма в архивных документах не зафиксирована. Упоминания о церковной жизни в этом регионе встречаются в материалах Олонецкой духовной консистории XIX века, относящихся к приходам Кемского уезда.
Архитектурное решение храма характерно для северного деревянного зодчества. Здание сооружено по традиционной клетской схеме с прирубленным алтарным помещением. В декоре фасадов прослеживаются элементы, характерные для карельской строительной традиции. Кровля завершается луковичной главкой, установленной на восьмигранном барабане.
В период с 1940 по 1984 год на территории современной Костомукшской епархии не действовало ни одного храма. Возрождение церковной жизни началось после регистрации прихода в Сегеже в середине 1980-х годов. Храм апостола Павла был восстановлен в рамках программы по сохранению историко-культурного наследия Карелии.
В административных документах Костомукшской епархии, образованной 29 мая 2013 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви, храм значится как приписной к Костомукшскому благочинническому округу. Богослужения совершаются по особому расписанию, учитывающему режим охраняемой природной территории.
