Храм апостола Фомы в селе Нагутское Минераловодского района Ставропольского края относится к числу православных храмов, возведенных в XIX веке. Село Нагутское, основанное в 1862 году, входило в состав Ставропольской губернии и было населено преимущественно выходцами из центральных губерний России, а также греками-переселенцами. Храм был построен в рамках общего процесса церковного строительства, характерного для заселяемых территорий Северного Кавказа.
Архитектурные особенности храма соответствуют традициям русского церковного зодчества XIX века. Здание выполнено в форме крестово-купольного храма с колокольней. Материалом для строительства послужил местный камень, что типично для храмов Ставрополья данного периода. В декоративном оформлении фасадов прослеживаются элементы классицизма, характерные для церковной архитектуры юга России.
В 1920-1930-е годы храм, как и большинство церквей в СССР, был закрыт. Богослужения возобновились в период Великой Отечественной войны, когда советское правительство пошло на временное смягчение религиозной политики. В послевоенный период храм продолжал функционировать, несмотря на ограничения со стороны государственных органов.
В 1990-е годы, после изменения государственной политики в отношении религиозных организаций, в храме были проведены реставрационные работы. Восстановительные мероприятия коснулись как внешнего облика здания, так и внутреннего убранства. Иконостас был воссоздан по сохранившимся фотографиям и описаниям.
Приходская жизнь храма апостола Фомы в селе Нагутское развивалась в общем контексте истории Русской Православной Церкви на Северном Кавказе. Село находилось в составе Ставропольской и Владикавказской епархии, а после административных изменений 2011 года вошло в состав Пятигорской и Черкесской епархии.