Храм апостола Фомы на Кантемировской был основан как временный деревянный храм и освящён 11 ноября 2006 года. Инициатива его создания принадлежала священнику Даниилу Сысоеву, который стал первым настоятелем. Храм был посвящён апостолу Фоме, одному из двенадцати учеников Христа, известному по евангельскому повествованию о уверении в Воскресении Спасителя.
20 ноября 2009 года настоятель храма священник Даниил Сысоев был убит в стенах храма. После его кончины приход продолжил деятельность, сохраняя замысел первого настоятеля о строительстве каменного храма в честь пророка Даниила. Временный храм апостола Фомы остаётся действующим, в нём регулярно совершаются богослужения по полному кругу.
Строительство каменного храма пророка Даниила началось позднее как реализация проекта, задуманного первым настоятелем. 20 сентября 2024 года состоялся чин освящения крестов и куполов для строящегося храма, который совершил управляющий Южным викариатством. Архитектурный проект нового храма выполнен в традициях православного зодчества.
При храме апостола Фомы ведётся активная приходская жизнь: действует воскресная школа, проводятся катехизические беседы, организована миссионерская деятельность. Особое внимание уделяется работе с готовящимися ко крещению и с теми, кто временно отошёл от церковной жизни. Библиотека храма располагает собранием православной литературы, включая издания самого прихода.
Храм хранит святыни - иконы с частицами мощей апостола Фомы и мученика Авраамия Болгарского. Богослужебная жизнь прихода следует уставу Русской Православной Церкви, с соблюдением всех положенных праздников и постов. Престольный праздник отмечается 19 октября по новому стилю, в день памяти апостола Фомы.
