Деревянный храм во имя святого апостола Филиппа в селе Усть-Лыжа был возведен в 1889 году на средства прихожан. Строительство велось на берегу реки, что характерно для традиций храмового зодчества Русского Севера. Престол храма освятили 3 января 1900 года. До 1905 года приход не имел самостоятельного статуса, и верующие относились к Усть-Усинскому приходу.
В 1905 году указом Святейшего Синода был учрежден самостоятельный Усть-Лыжинский приход, в который вошли жители села Усть-Лыжа и деревни Акись (Смольный Материк). Храм выполнял не только религиозные функции, но и вел метрический учет населения, фиксируя данные о рождении, бракосочетании и смерти прихожан.
В начале XX века при храме действовало сельское училище Министерства народного просвещения, где священнослужители исполняли обязанности законоучителей. В советский период храм был закрыт, колокола сняты, а купол разрушен. Здание использовалось как склад для хранения зерна, а позднее было переоборудовано под сельский клуб.
В декабре 2019 года Арбитражный суд Республики Коми вынес определение о передаче здания храма православному приходу. Администрация Усинска признала требования верующих обоснованными и обязалась вернуть здание законному собственнику до 1 октября 2022 года. На момент составления справки здание по-прежнему используется как клуб, ожидая передачи церковной общине.