Храм во имя святого апостола Андрея Первозванного в Барнауле был основан по благословению епископа Барнаульского и Алтайского Антония в 1999 году. Община верующих была официально зарегистрирована 16 сентября 1999 года. Земельный участок под строительство храма расположен на холме в Ленинском районе города, на пересечении улиц П. Гущина и А. Попова.
Строительство деревянного храма из бруса началось в 2000 году. В течение года были возведены стены и крыша, выполнена минимальная внутренняя отделка. На период строительства богослужения совершались во временном вагончике, установленном рядом со стройплощадкой. Первоначальный этап строительства завершился в конце 2000 года.
В первые годы существования прихода отмечалась частая смена настоятелей, что негативно отразилось на состоянии общины и самого здания храма. К началу 2000-х годов сооружение начало приходить в упадок. Ситуация изменилась после назначения нового настоятеля в марте 2002 года, при котором начались работы по укреплению конструкций здания.
К 2010 году в храме проведены значительные ремонтные работы: построен притвор с размещением воскресной школы для взрослых, заложено основание будущей колокольни, организована церковная лавка. Площадь алтарной части была увеличена, выделено отдельное помещение для совершения таинства исповеди, открыта приходская библиотека.
Архитектурное решение храма соответствует традициям деревянного зодчества. Здание расположено на возвышенности, что делает его заметным среди городской застройки. В оформлении интерьеров использованы иконы, выполненные по канонам православной иконописи.