Первоначально здание, в котором ныне располагается храм, было построено в начале XX века в другом населённом пункте. С приходом советской власти церковь была переоборудована в пивной магазин. В 1950-х годах деревянное здание было перевезено в посёлок Падунская, где оно использовалось как винная лавка. Лишь спустя 30 лет, в 1980-х годах, на крыше здания вновь были установлены купола и православный крест, и здание было переоборудовано под храм. В 1999 году был официально зарегистрирован православный приход храма Александра Невского в посёлке станции Падунская, входящий в Мариинскую епархию Русской Православной Церкви.
К началу XXI века здание храма пришло в аварийное состояние: оно было построено на деревянных сваях, которые начали гнить, по стенам распространился грибок, половицы стали шаткими. В связи с этим местные жители приняли решение о строительстве нового храма. Был разработан проект трёхкупольного сооружения высотой около 20 метров, который был утверждён в епархии. Однако реализация проекта столкнулась с финансовыми трудностями: для строительства требовалась лицензированная строительная компания, услуги которой оказались неподъёмными для местных жителей. Несмотря на это, жители посёлка начали сбор средств, пожертвовав собственные деньги и строительные материалы, собранные с расселённых домов.