Деревня Средняя Отла расположена в 40 км от города Емва и входит в состав муниципального образования «Шошка». Часовня находится на окраине населенного пункта, в 100 метрах от реки.
Первоначальное деревянное здание часовни было возведено в 1781 году. В 1838 году, когда часовня пришла в ветхость, местный мастер Алексей Лапин построил новое здание, сохранившееся до наших дней. На фасаде над дверью имеется памятная надпись: «1838 годъ. Строитель Алексей Лапинъ. Мастер А.Л.».
После Октябрьской революции 1917 года и до 1932 года в часовне продолжались богослужения. В 1932 году она была закрыта и переоборудована под склад, что способствовало сохранению ее структуры и внутреннего убранства. Иконостас, изготовленный Фалалеем Жаковым, отцом известного этнографа и фольклориста Каллистрата Жакова, сохранился благодаря этому использованию.
В годы Великой Отечественной войны часовня вновь открылась для богослужений, но после войны продолжала использоваться как склад. В 1980-х годах здание было отремонтировано, и часть икон вернули в часовню, в то время как другие были переданы в музей.
Архитектурно часовня представляет собой деревянное строение с характерными для русского северного зодчества элементами. Внутри сохранился иконостас с иконами XVII–XIX веков, отражающий местные традиции письма.