В 1860 году на Матиссовом острове была построена больница святого Николая для душевнобольных, известная в народе как «Пряжка». В 1876 году, при этом медицинском учреждении, на берегу реки Пряжки была возведена часовня для проведения панихид. Строительство осуществлялось на частные пожертвования по проекту архитектора А. Ф. Красовского. Часовня была украшена иконами, созданными в московской мастерской Постникова.
После революции 1917 года часовня была закрыта, и её помещения использовались под морг. В 1990 году здание было возвращено верующим.