Изначально здание часовни было возведено в начале XX века как фамильный склеп семьи Чистяковых. Первым в этом склепе был похоронен тайный советник Михаил Васильевич Чистяков (1854–1909), занимавший должность товарища министра финансов Российской империи. После 1917 года в склепе были также захоронены его вдова Люция Александровна и дочь. Табличка с именами погребённых существовала до 1960-х годов, но позднее была утрачена.
Архитектурно здание представляет собой небольшое сооружение, выполненное в традициях некропольной архитектуры того времени. Строгие формы и лаконичный декор подчёркивают его мемориальный характер. В 2012 году склеп был преобразован в часовню, однако регулярные богослужения в ней не проводились.
3 июня 2018 года, после Божественной литургии в неделю Всех Святых, часовня на Павловском городском кладбище была заново освящена. Чин освящения совершили настоятель храма святителя Николая Чудотворца в Павловске протоиерей Димитрий Юревич и священник Иоанн Никитин в присутствии многочисленных прихожан. С этого времени в часовне начали проводиться регулярные богослужения, включая молебны о здравии и панихиды об упокоении.
Павловское городское кладбище, на территории которого расположена часовня, было основано не позднее 1790-х годов. Оно занимает площадь 13,2 гектара и является местом захоронения многих известных личностей. Среди них — архитектор Александр Павлович Брюллов, чья могила признана объектом культурного наследия федерального значения.
