Борисоглебский монастырь основан в 1363 году по благословению преподобного Сергия Радонежского новгородскими монахами Феодором и Павлом. Место для обители было выбрано на берегу реки Устье, в 18 км от Ростова Великого. Первоначально все строения монастыря были деревянными. Основатели обители погребены в северо-западном углу Борисоглебского собора и впоследствии прославлены как преподобные в Соборе Ростово-Ярославских святых.
В XV-XVI веках монастырь пользовался особым покровительством московских князей. В 1440 году игумен Питирим крестил в стенах обители будущего царя Ивана III. При Василии III в 1522 году началось каменное строительство: возведены собор Бориса и Глеба (1522-1523), Благовещенская церковь с трапезной палатой (1524-1526). Иван IV Грозный трижды посещал монастырь и сделал более 20 значительных вкладов, включая колокол весом 138 пудов.
В Смутное время в монастыре подвизался преподобный Иринарх Затворник, проведший 38 лет в веригах. В 1612 году князь Дмитрий Пожарский и Кузьма Минин получили здесь благословение на освобождение Москвы от поляков. Мощи преподобного Иринарха сохраняются под спудом в паперти соборного храма.
В конце XVII века по инициативе митрополита Ионы Сысоевича проведена масштабная реконструкция: построены Сергиевская надвратная церковь (1679), звонница с церковью Иоанна Предтечи (1690), укреплены стены и башни. К середине XVII века монастырь владел 22 тысячами десятин земли и четырьмя подведомственными обителями.
После секуляризации 1764 года монастырь потерял экономическое значение. В 1924 году был упразднён, в его зданиях размещались различные учреждения. Богослужения прекратились в 1928 году. С 1928 по 1954 год на территории действовал краеведческий музей. Возрождение монастыря началось в 1989 году с возобновления богослужений, официально обитель восстановлена в 1994 году. В 2015 году монастырю возвращено всё имущество.
Архитектурный ансамбль включает памятники XVI-XVII веков: собор Бориса и Глеба, Благовещенскую церковь с трапезной, Сергиевскую надвратную церковь, звонницу, келью Иринарха Затворника и крепостные стены с башнями. Сохранились святыни: восьмиконечный крест преподобного Сергия Радонежского (ныне в музее), список Лиддской иконы Божией Матери (1588), вериги преподобного Иринарха.
