Богоявленский храм в городе Камень-на-Оби был основан как приходская церковь в 1887 году. Первоначально это был деревянный храм, построенный в честь Богоявления Господня. Инициатором строительства выступил купец первой гильдии Адриан Ильич Винокуров, при поддержке местных жителей и других купцов. В 1900 году на месте деревянного храма был возведен каменный Богоявленский собор, выполненный в русско-византийском стиле. Строительство велось по проекту, близкому к типовым решениям того периода.
В 1910 году приход был преобразован в центр 19-го благочиния Томской епархии. При храме действовали церковно-приходская школа, библиотека, свечной склад и другие учреждения. В 1930-е годы храм был закрыт советскими властями, а его здание переоборудовано под ликеро-водочный завод. В этот период были сняты купола, уничтожены внутренние росписи, а пространство разделено на этажи.
В 1997 году начался процесс возвращения здания Русской Православной Церкви. Первоначально здесь был учрежден женский монастырь, но позднее он был преобразован в мужской. С этого времени ведется поэтапное восстановление храма: демонтированы заводские конструкции, восстановлены алтарная часть и подкупольное пространство, проведены работы по реставрации фасадов.
Архитектурный комплекс включает главный храм, малый храм во имя преподобного Антония Печерского и несколько хозяйственных построек. Здания являются памятниками культурного наследия регионального значения. В настоящее время богослужения проводятся в малом храме, тогда как восстановление основного здания продолжается.