В 1677 году, по указу царя Алексея Михайловича и с благословения Святейшего Патриарха Иоакима, на месте разрушенного храма был возведён новый деревянный храм во имя Богоявления Господня. В 1750 году, при императрице Елизавете Петровне, в присёлке Никольское была построена новая однопрестольная Богоявленская церковь. К 1852 году в архивах Московского уезда упоминается село Богоявленское с одной церковью и тремя дворами, расположенное в 14 верстах от Троицкой заставы по Тайнинской дороге.
В 1871 году, по прошению прихожан, к существующей деревянной церкви в селе Никольском-Богоявленском была пристроена каменная трапезная с двумя тёплыми приделами и колокольня. В период с 1881 по 1884 годы, вместо разобранной деревянной церкви, местный землевладелец и фабрикант А.К. Ленточников возвёл каменный Богоявленский храм. К 1916 году документы шестого благочиннического округа церквей Московского уезда упоминают уже трёхпрестольный каменный храм во имя Богоявления Господня с приделами в честь святителя Николая и пророка Илии.
После Октябрьской революции 1917 года, приход храма Богоявления Господня включал деревни Сгонники, Ядреево, Челобитьево, Волково, Ховрино и Бородино. К 1925 году причт храма состоял из настоятеля — протоирея Иоанна Петровича Купленского и псаломщика Акима Савича Колюжного. В 1934 году советская власть приняла решение о закрытии храма, и здание было передано для нужд общеобразовательной школы. Церковная утварь, иконы и всё, что принадлежало храму, большей частью было разграблено.
В 1996 году, на окраине деревень Бородино и Ховрино, близ сельского кладбища, был заложен новый деревянный храм в честь Богоявления. Строительство велось силами и молитвами настоятеля и прихожан, которые сами рыли фундаменты и клали брёвна. 24 февраля 1998 года благочинный Мытищинского округа игумен Александр (Агриков) освятил новый храм. Приход постепенно разрастался, и вскоре было получено благословение на возведение нового придела в честь святых преподобномучениц Елисаветы и Варвары. 11 мая 2003 года архиепископ Можайский Григорий (Чирков) совершил чин освящения вновь построенного придела.
Архитектурно, современный Богоявленский храм представляет собой деревянный одноглавый храм с колокольней. С южной стороны к основному пространству пристроен клетский объём придела преподобномучениц Елисаветы и Варвары. При храме также расположены двухэтажный церковный дом с домовым храмом в честь Владимирской иконы Божией Матери и три часовни, а вся приходская территория окружена белокаменной оградой. Архитектурный ансамбль отличается гармоничностью и красотой.