Село Верховлянь, известное с XVIII века, располагалось на дороге, ведущей в Коломну, что способствовало его развитию и превращению в крупный торговый центр. Первоначально в селе существовала деревянная церковь, перенесенная в 1793 году из другого села Коломенского уезда. Однако точные сведения о ее судьбе отсутствуют; предположительно, она была утрачена в результате пожара.
В 1874 году на средства отставного майора Николая Ивановича Авдулова, проживавшего в селе Васьково, была возведена новая каменная церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Строительством руководил временный коломенский купец Григорий Купавин. Выгодное расположение села способствовало тому, что храм стал центром благочиния, объединяя 14 церквей округа. В 1900 году при храме была открыта церковно-приходская школа, а в 1904 году проведена реконструкция, после которой изначально холодный храм стал отапливаемым.
Архитектурно храм выполнен из красного кирпича в стиле эклектики с элементами древнерусского зодчества. Основной объем завершен восьмигранным световым барабаном с куполом. Колокольня, расположенная на квадратном основании, имеет восьмигранный ярус звона. Оконные проемы украшены наличниками, имитирующими белый камень, а чугунные решетки на окнах выполнены в виде растительного орнамента. Внутренние стены храма расписаны фресками, многие из которых сохранились до настоящего времени.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт и передан для нужд колхоза. В его стенах разместили моторно-тракторную станцию, для чего были разрушены северная и южная стены основного объема, чтобы обеспечить проезд техники. Несмотря на это, часть фресок на стенах и столпах храма сохранилась.
В начале 1990-х годов начался процесс возрождения храма. Была организована приходская община, которая приступила к восстановительным работам. С 2016 года к работам по возрождению храма подключился московский автоклуб "Магистраль". Благодаря совместным усилиям были проведены работы по консервации здания, поддерживается порядок в храме и на прилегающей территории, а главное — в храме возобновились богослужения.
