Андреевский монастырь основан в 1648 году боярином Фёдором Ртищевым как мужская обитель на правом берегу Москвы-реки. В 1652 году при монастыре было учреждено училище, преобразованное в 1685 году в Славяно-греко-латинскую академию – первое высшее учебное заведение в Москве. В 1724 году монастырь упразднён указом Петра I, а академия переведена в Заиконоспасский монастырь.
В 1764 году монастырь окончательно закрыт в ходе секуляризационной реформы Екатерины II. Храмовые здания переданы под размещение богадельни Московского купеческого общества. В XIX веке комплекс включал церковь Воскресения Христова в Пленницах (1689-1703 гг.), храм Иоанна Богослова (1748 г.) и надвратную церковь Андрея Стратилата (1675 г.).
В 1923 году советской властью монастырские помещения были национализированы. В разные годы здесь размещались рабочие общежития, лаборатории и учреждения Академии наук СССР. В 1960-х годах ансамбль получил статус памятника архитектуры федерального значения.
В 1992 году комплекс возвращён Русской Православной Церкви. Указом Патриарха Алексия II от 14 августа 1996 года обитель восстановлена как ставропигиальный мужской монастырь. В 2013 году Священный Синод подтвердил монастырский статус.
